几人直达控制室，这里的损坏很严重。
不管是浣熊市的“坏孩子”红皇后，还是这座基地内的“乖女孩”白皇后，核心程序都是阻止病毒泄露，尽可能地保护人类。
她向几人介绍了基地的情况：埃塞克斯博士克隆爱丽丝，训练她们的能力。然后，研究觉醒后的克隆体血液。
爱丽丝拒绝约翰等人的帮助，独自约战变异丧尸埃塞克斯博士。随着闸门的关闭，约翰祈祷爱丽丝不要出现意外。
在白皇后的配合下，计算机专家张伟修改了底层代码，把保护伞公司的权限移除。闸门打开，爱丽丝们出现在几人的眼前。
众人清理了地面上依然逗留的丧尸，安葬了爱丽丝复制体的遗体。至此，美洲多了一个安全的幸存者平民据点。
与祖国获得通讯后，上面立即对这里资助了一批生活物资。这里有人工合成血清的设备与武器库，运输机离开时带走资料。
经过几个月的接收幸存者，这座基地充满了生机。有如此成就，爱丽丝们功不可没，她们击破了保护伞公司的数次袭击。
保护伞公司可能意识碰到了硬茬子，从上个月开始便不再攻击这里了。
爱丽丝们则展开反攻，保护伞公司在全球的各处基地相继攻破。这一次，她们将前往位于日本东京涩谷区的地下基地。
东京基地自毁，阿尔伯特·威斯克将军逃脱，爱丽丝失去了超能力。爱丽丝驾驶滑翔机，飞往阿拉斯加的阿卡迪亚小镇。
在那，爱丽丝只看到一堆无人的飞机。
返程途中，爱丽丝被迫降落在洛杉矶监狱的屋顶。从卫星电话中得知此消息，卡洛斯决定组建小队、前去救援。
黎明前夕，两架直升机降落。瑞德菲尔家兄妹重逢，克莱尔很好奇哥哥克里斯怎么会在此。后者表示刚到洛杉矶便被袭击，等醒过来已经被关入监狱中了。
监狱中幸存的几人获救了，但他们想去停在海岸线的轮船——阿卡迪亚。在卡洛斯和克莱尔的劝说下，几人改变了想法。
一直提出要去轮船的胡子男贝内特，瞬间改口要去幸存者基地。
代言手表的篮球明星卢瑟·韦斯特，以及他的妹妹卢瑟。拥有演员梦的美女克里斯塔、大兵安吉尔·奥提斯和欣喜若狂的亚裔。
他们六人被送到了基地，爱丽丝则和她的克隆体去往阿卡迪亚查看情况。这是个陷阱，到来的幸存者都成为了威斯克的食物。
之所以一直向外释放信号，是想引爱丽丝的本体到来。听着电话那头爱丽丝的讲述，让基地内的人更加痛恨保护伞公司。
幸存者们得知爱丽丝的事迹后，都很崇拜她。孩子们，则把她当成了偶像。通话突然变得不稳定，直到掉线。
但在此之前，约翰听到了爱丽丝最后的话语：“吉尔！？”
张涛锤了下墙壁，推测道：“爱丽丝不是被捕，就是已经遇害了。”
约翰安抚道：“爱丽丝是特别的，保护伞公司不会杀死她的。白皇后，你知道爱丽丝的去向吗？”
白皇后低落道：“姐姐的程序错乱，无法与其沟通。有人发来通讯是否接听？”
约翰回道：“接听。”
威斯克是来寻求合作的，他知道爱丽丝被关押的地方。艾达·王是威斯克的特工，她是本次营救的主力，将从内部突破。
爱丽丝被关在保护伞公司的核心实验基地，就在俄罗斯北部勘察加峡湾的冰面之下。那里曾是潜艇船坞，被保护伞改造。
约翰和卢瑟加入威斯克组建的救援小队，队长里昂曾是R.P.D.的警察。约翰留在上面等待，其他人潜入基地。
在通风口安装完了两个小时的定时炸弹，里昂他们上了升降梯。约翰目送几人离去，心中默默为其祈祷：顺利完成任务。
距离爆炸大约还有十分钟时，爱丽丝、里昂、卢瑟和小女孩贝基出来了。约翰从车内出来，为几人递去羽绒服。
为了不被爆炸波及，约翰等人开着装甲车驶离通风口。被红皇后控制的吉尔和克隆莱恩、带着俘虏艾达，追了上来。
保护伞公司的潜艇突破冰面，掀翻了正在行驶的装甲车。为了救艾达，爱丽丝和吉尔打斗。克隆莱恩往体内注射了罗斯·普拉格斯寄生虫，不再惧怕枪械。但突然冒头的约翰，用突击步枪打破了她脚下的冰面。
克隆莱恩放下了一句狠话，就被丧尸拽入海底。四人围殴，爱丽丝把吉尔胸口的机械蜘蛛控制器拿下并踩毁。
来了两架直升机，约翰和贝基前往幸存者地下基地。爱丽丝和卢瑟决定去找威克斯，与里昂、吉尔、艾达前往华盛顿白宫。
约翰返回基地时，地面上的堡垒正清扫着来犯的丧尸。这里的战况远没有华盛顿的惨烈，那里是变异大军的主攻之地。
即便重获超能力的爱丽丝和卢瑟等人奋力迎战，依旧未能守住阵地。白宫沦陷，美国覆灭。为保留力量，少数人及时撤离。
几日后，爱丽丝一行人回到基地。
美洲的丧尸经过白宫战役被消灭许多，是时候彻底解决T病毒。
白皇后传来个好消息：红皇后的程序经过自我修复，已恢复了正常。红衣小女孩出现在屏幕中，她表示愿意帮助人类。
红皇后与白皇后的原型是患有早衰症的艾丽西娅，她的父亲是创始人之一的詹姆斯·马库斯。詹姆斯只想用T病毒来造福人类，而合伙人亚历山大·艾萨克斯博士看到了T病毒能带来的利益。
为了消除阻碍，艾萨克斯博士让手下威克斯杀了詹姆斯。艾萨克斯博士亲自抚养艾丽西亚，获得了保护伞公司的大部分股权。
艾丽西亚二十五岁时，艾萨克斯博士决定启动末日计划。让克隆人用T病毒来消灭地表的人类，再由苏醒的本体统治世界。
他们就躲在浣熊市蜂巢的下面，那里有一管能清理全球的强效空气血清。红皇后由于不能背叛保护伞公司，众人只有48小时。
爱丽丝为队长，基地内有战斗力的幸存者都上了载具参与此次行动。克隆体艾萨克斯博士的阻击失败，幸存者到达了浣熊市。
这里早就是一片废墟，但还有一些丧尸游荡。约翰等人留在地面上，清理丧尸与防守攻击保护伞公司的士兵。
爱丽丝组建了一个小队，进入蜂巢。
几个小时候后，天边泛起尘沙，那是被保护伞公司引来的丧尸大军。还有几百米就要到防线了，爱丽丝等人带着血清出来了。
随着密封罐的破碎，血清通过流动的空气扩散。病毒被杀，丧尸们变回了不会动的尸体。爱丽丝也瞬间倒下，但她只是昏迷。
获得了完整记忆的爱丽丝，成为了一个真正的普通人。
两年后，地球末日危机解除。
大自然的生态系统再恢复，如今管理地球的是联邦政府。球长的人选看所在国家的人口，但外国的人口十不存一。
每个小家庭都有属于自己的房屋，无需购买与缴纳物业费。都是给联邦打工，人们没有了压迫。人们热爱学习、发明与创造。
约翰活到了一百零八岁，子孙满堂。