由于自己在战争爆发之前就将砂忍淘汰的关系，整个第三次忍界大战的过程已经面部全非。
首先，因为自己的关系，砂忍村的风影罗砂、长老千代以及主力全灭，这场以砂忍三代风影失踪，从而对木叶发起的战争，还没有正式开始便宣告了结束。
全村所有精锐忍者近乎全灭，风影与长老死亡，砂隐在实力上已经跌出了五大国的等级，引得了无数想要上位的忍村的觊觎之心。
风之国也因为砂忍的战败，导致了国内一片混乱，大名为了维护自己的统治，向砂忍提供了大量的资金用来帮助砂忍恢复元气，稳定自己的统治，同时也向火之国大名俯首称臣，用以换取喘息之机。
而砂忍为了确保自己的村子不被灭了传承，在另一位侥幸从苍玄攻击中活下来得砂隐长老海老藏的支持之下，由四代风影之妻加流罗继任第五代风影，背上了无条件答应了木叶的一系列霸王条款这口大锅之后，向木叶宣告投降。
另一边，大野木因为眼红木叶的收获，联合云隐和雾隐结成同盟，一起向木叶发起了战争，正式展开了第三次忍界大战。
但结果自然不必多说，以前四打一都没有干过木叶，没了砂忍得掣肘，三打一之下也还是被木叶锤的惨不忍睹。
第三次忍界大战初期，自信满满潜入火之国内部搞暗杀的忍刀七人众，好死不死的遇见了负责肃清火之国境内间谍任务的波风水门小队。
自信心膨胀的忍刀七人众狞笑着A上去，于他们便被波风水门的飞雷神之术秀了一脸血，最终在留下了四把忍刀之后仓皇逃跑。
要不是波风水门顾忌卡卡西等三个拖油瓶，这一代的雾忍七刀估计可以除名了。
雷之国战场上，由于苍玄大幅的的改变了世界剧情，迈特凯、不知火弦间与惠比寿并没有遇见忍刀七人众，反而是遇见了第三代雷影。
于是护子心切迈特戴毫不犹豫的开启了八门遁甲之阵，绽放出了血色的莲华，以自身死亡的代价，把第三代雷影踢成了残废。
由于战争的原因，第三代雷影拖着重伤残躯在与大蛇丸的战斗之中强行透支生命，最终战死在大蛇丸的手中，云忍士气跌落到谷底，大蛇丸见状对云隐发起了总攻，并且取得了大胜。
而另一边，云隐下任领袖艾与奇拉比的AB组合，则是被前来支援的波风水门与猪鹿蝶三人组所击败，自己连同断了一条手臂的八尾人柱力一同被俘获。
雪上加霜的云隐无奈之下，以换取艾与奇拉比的代价，向木叶宣告投降。
土之国战场，面对三代土影两天秤大野木这个老对手，木叶一开始就拿出了绝大部分的实力，三代火影猿飞日斩与火影辅佐志村团藏亲临战场，鏖战三个月后，在正面战场击溃岩隐主力，并联手将三代土影大野木打成重伤。
大野木眼见大势已去，不甘的宣告投降，土之国战场结束。
至于最后的水之国，除了一开始派遣忍刀七人众前往火之国进行暗杀之外，全程几乎一直在打酱油，眼瞅着同盟国都已经凉了，他们自然不再坚持，果断的宣布投降，抽身而去。
至此，第三次忍界大战以不到一年的时间宣告结束，木叶再次取得了胜利，并且是大获全胜。
其中这场战争获益最多的不光是木叶，就连苍玄也因此获得了非常丰厚的收益。
世界本源的获取方式是主神以扭曲世界轨迹的产生的因果来获得，此时整个三战被苍玄魔改的面目全非，许多该死的人活了下来，该活着的人下了地狱，其中所产生的因果之大，获取的世界本源之多，足以让苍玄什么都不做，舒舒服服的活上三千年之久。
“嘛，在休息一段时间，干一票大的就去其他的世界溜一圈！”
苍玄静静的躺在床上，嘴角微微翘起，显然是心情很好。
......
一个月后，木叶郊外，三名带着面具的暗部，毫不掩饰自身的恶意，来到了一个简陋的小木屋的门前，这里是苍玄的静养之地。
嘎吱......
伴随着缓缓打开的木门，阳光直直照着这面向东面开门的小屋，露出了木屋内部的景象，床与衣柜等必须家具外，就只有盘坐在床上的苍玄。
“你们是谁？”
感受着来人身上那毫不掩饰的杀气，苍玄睁开了双眸，一脸冷然的看向了那隐藏在面具之下，三双散发着妖异血红的三勾玉写轮眼。
“鞍马苍玄，这是逮捕令，现在，你被逮捕了，如过你敢反抗的话，杀无赦！”
当先的一个宇智波上前展开一张纸，几乎都触到了苍玄的鼻子，那双写轮眼中满是高傲和杀意。
“可以问一下，我到底犯了什么罪吗？”
苍玄叹了一口气，着实有些不明白，他出院不过一个月的时间，而且一直待在这个小木屋里修养，他到底那里惹到宇智波的红眼病了。
“哼，废话少说，抓你还需要理由吗！”
为首的宇智波非常嚣张的大声说道，俨然一副不把苍玄放在心上的样子。
你说他不知道对方的实力以及和自己的差距？
不不不，他知道，很清楚的知道，面前这位几乎被默认为最接近千手柱间与宇智波斑的存在，他的详细经历和大致能力早已在心中背的滚瓜烂熟。
他之所以表现的有恃无恐，一方面是因为对己方战力的自信以及一点小小的蔑视，在他们看来，宇智波才是世界上最为强大的家族。
另一方面，则是拿到了苍玄的身体数据，身体残破不堪的苍玄已经失去了制造查克拉的能力，现在的他只是一个比普通人还不如的废物。
所以面对这样一个废物，他们很难在心中升起哪怕半点的敬畏之心，尽管他之前是一个拥有毁掉一个村子强大力量的忍者。
“啧，到底是我提不动刀了，还是你们太飘了啊。”
苍玄有些头痛的揉了揉眉心，许是第三次忍界大战木叶取得了压倒性胜利的缘故。
木叶的人，特别是那些大家族的高傲子弟，一个个的尾巴都翘上天了，完全失去了对于强者的敬畏，即便他表现的只是一个废人。
“鞍马苍玄，你是否认罪！”
为首的宇智波忍者不耐烦的大吼一声，然后三人一起踏前一步，扼住了苍玄的任何行动空间。
三人围绕间散发出森然杀气，其默契的配合和对战机的把握远远超出了其余同极忍者，是名副其实的精英！