这天早上，元太带着柯南他们一起去了一个宠物店，说是看到很可爱的小动物。结果就是到了宠物店门口的时候发现店里根本就没开门，然后正好遇到了前一天晚上店长白井石让他过来宠物店里的二宫俊哉。他们进去之后柯南发现宠物店店长已经被杀死了，死者衣服口袋里有一个玻璃瓶子但是没有瓶盖，元太在地上抓住了一只甲虫。
“果然还是这样。”人命案子见多了的小哀现在也见怪不怪了。
“下次就不要跟他一起来了，只要他出现就会有杀人案，所以我不是说了他是名副其实的死神。”明晖同学跟小哀说。当然他并没有让其他人听到，因为他们跟柯南一样注意力在这件人命案子上。
“好了小哀，我带你看看里面的小兔子。这种案子就交给柯南他们吧。”
“我说柯南大侦探，调查这个案子就交给你们了，小哀说想看看，我留在这里陪她，毕竟是命案现场，留她一个人在这里我不放心。”
后来柯南他们四个让高木警官带着去了群马县警局，听群马县警山村警官说这边发生了甲虫失窃的案子。
佐藤警官在柯南他们来到这里之后不久也来到了群马，并且开始跟高木还有柯南他们一起展开调查。
原来在昨天晚上，一辆装满甲虫的货车连甲虫一起被偷走了。通过柯南得到的线索：死者是被勒死的；被偷走货车里有空调还有死者衣服口袋里玻璃瓶的盖子；早上五点有邻居听到宠物店有动静；昆虫杂志社编辑石田隆志的手机吊绳不见了。
根据这些线索可以得出结论：杀人凶手就是就是石田隆志，凶器是他的手机吊绳，死者体温下降过快是因为凶手把死者放在了货车上，证据就是货车里那个玻璃瓶盖。而杀人动机就是因为死者跟他一起偷卖甲虫的赃款分成问题。
后来案子破了之后，柯南他们坐着佐藤警官的车返回东京，人质专业户步美特意跟佐藤警官说了关于高木警官车里没有空调的事。
再后来，小兰因为下周要在学校值日，由于学校都在传的灵异事件，她请毛利大叔过去一起进行调查，但是毛利大叔对这件事并没什么兴趣，最后是小兰和园子带着柯南一起去了帝丹高中调查灵异事件。
所谓的灵异事件也只不过是前段时间意外身亡的保坂英彰的好朋友误以为他是被人害死而弄出来的乌龙事件而已。
后来步美在蛋糕店遇到一个她觉得很善良的店员姐姐，好巧不巧她家楼下的“乌鸦婆婆”就被自己家阳台上掉下来的花盆砸死了。柯南经过一系列推理调查，他知道了真正的凶手就是那个蛋糕店的店员。最后她也说出了杀死“乌鸦婆婆”的理由，虽然步美理解她，但是杀人就是不对的。步美哭的很伤心，但是没有任何办法。
人见松一郎和人见竹彦是两个双胞胎兄弟，他们在同一天的同一时间，在不同的地点，一个不小心失足坠楼而死，另一个却是被人杀死的。
小兰觉得这件事情有点奇怪，柯南也觉得不可能这么巧，刚好当时人见竹彦委托了毛利大叔调查人见松一郎，所以说这件命案毛利大叔自然也是不能不管的。
本来这件命案连柯南都没有什么头绪，他也只是觉得这个案子不简单，直到南里熏的出现，事情发生了转机。虽然现在柯南还想不通南里熏跟两位死者之间的关系，但是根据人见竹彦被杀的现场来看，如果真的是小偷杀人的话，死者就不应该被杀死在门口了。
从南里熏那里柯南得到了她之前交往过的安西先生的一些消息，刚好毛利大叔跟柯南去找南里熏调查安西的时候，发现南里熏被人袭击，导致她头部受了点伤。
柯南在相机里找到的一组照片帮助他解开了所有的谜题。进去厕所之前的安西根本就没有人见竹彦家的钥匙，但是出来之后他却突然有了这把钥匙。
再加上之前根据人见竹彦妻子加奈子说的，她曾经为了让自己丈夫跟松一郎大哥和解，私下配了一把钥匙给他。
事情已经很清楚了，这是一件交换杀人案。安西为了摆脱南里熏，松一郎则是因为没有得到公司继承人的位置，再加上自己公司经营不善的时候竹彦并没有借钱帮助他，所以说在安西劝说下才答应了交换杀人。
其实有那两张照片已经是铁证了，安西再怎么否认都没有用也就只能乖乖认罪。这件两兄弟同时死亡的离奇案件也就到此结束了。
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