在865班机事件过去之后，为了庆祝小兰在空手道大赛得到冠军，园子安排小兰和毛利大叔以及柯南他们去亚芙萝蒂号游轮上，在船上他们认识了编辑日下广成以及这艘船的命名者秋吉美波子，她跟妃英理长的有点像，所以说毛利大叔罕见的感觉有点害怕的样子。
晚上，毛利大叔没有意外的喝醉了。小兰和园子把他交给了柯南和阿笠博士照顾。三小只和小哀以及明晖同学他们五个人在商量用从海边捡来的贝壳做成金牌送给小兰，作为她得了空手道大赛冠军的礼物。
“你们加油啊！我先去洗澡了。”
“小哀，我可以去跟你一起洗吗？”
“哒咩！还是等以后再说吧”
“你们两个感情真的很好啊”
“虽然情况比较特殊，但是我们也是青梅竹马的。不要太羡慕我哦。”
等小哀洗澡出来，大家各自进去洗过之后也就准备睡觉了。他由于跟小哀关系很好，当然是睡在小哀旁边，至于小哀另一边当然是步美了。
“晚安，小哀。”互相说了晚安之后，他在小哀脸上亲了一下就准备睡觉了，毕竟组织的事情还没有解决。
第二天早上，亚芙罗蒂号甲板上，又到了阿笠博士的猜谜时间，由于博士的谜语没什么意思而且对于小哀她们三个来说比较好猜，所以博士特意跟他们三个说绝对不能说出答案。但是在旁边跟小兰聊天的园子说出了答案，然后他们五个跟小兰和园子一起去玩捉迷藏了。
捉迷藏结束以后，园子没找到小兰，她发现自己被人打晕了，而且好像在一个很冰冷的箱子里，通过侦探团的徽章告诉了小兰她们。收到消息的大家立刻去找园子，他们在船上的太平间里找到了瑟瑟发抖的园子，被送去医务室喝了几杯热水的园子终于缓过来了。但是她不记得是谁袭击了她，只知道她被人打晕的时候是素霞十点十一分。
“是恶作剧吗？”
“不，没那么简单，这已经是杀人未遂了。”
毛利大叔让人立刻通知警察，然后他跟柯南去了园子被人袭击的地方，在那里发现了八代贵江会长的扇子，毛利大叔准备送过去给他女儿八代贵江的时候，他按了门铃结果没有人开。他刚刚在走廊里发现了一个穿着风衣戴着连衣帽的人，破门进去之后发现八代贵江社长在出了浴室之后被人杀了。
目暮警官他们空降赶到现场，根据八代贵江会长被杀的现场来看，柯南和毛利大叔在走廊看到的那个人很有可能就是杀人凶手。
应该是仇杀，房间的门没有被撬开的痕迹。毛利大叔告诉目暮警官日下广成的身材跟他看到的那个人很像，但是目暮他们过去询问相关情况的时候却发现他有充足的不在场证明。
关于这一点，其实明晖同学知道真正的凶手就是那个秋吉美波子，但是由于所有的线索都指向了日下广成，而且他也确实是有故意伤害他人的行为，其实他并不想管这件事，哪怕现在也一样。
而且三个星期之前，船上就发现遗失了一把能打开任何房间的万用钥匙，而且正好在日下广成采访完以后。贵江社长被杀的时候只有自己一个人，那也就是说凶手一定知道社长的行程，在柯南的提示下白鸟想到了窃听器。
毛利大叔和柯南一起看到了在八代贵江社长房间出来的一个人，身材看起来像日下广成，但是经过目暮警官他们的调查，他有充分的不在场证明。
在目暮警官找日下广成的时候，柯南找到了跟妃英理长的有点像的秋吉美波子，根据她说的话，他已经可以确定凶手是日下广成了，只不过现在还没有证据。所以他去找了日下广成，在他房间里发现了一个录音器，他已经有办法让他认罪了。
在船上有一个大家都要参加的欢迎宴会，本来毛利大叔是准备说出杀人凶手是谁的，但是由于柯南没有麻醉他，所以说他推理一半去上了厕所，当然他其实是去了秋吉美波子的房间在一把枪上动了手脚。
毛利大叔走了之后，柯南利用自己的道具在阿笠博士的配合下说出了杀人凶手就是日下广成，而且在他的证据面前对方根本就没有任何借口反驳，于是他引爆了装在船上的炸弹然后趁乱逃出去了。
柯南立刻开一艘小船追上去，少年侦探团其他人也开一艘船跟着，在他们的配合下成功抓住了日下广成，但是由于船上的炸弹被引爆，这艘船已经不安全了，船长下令弃船逃生。
感觉有什么事要发生的柯南立刻返回去，正好看到了毛利大叔和秋吉美波子的战斗，上救生艇之前他们两个发现小兰不见了，然后开始找小兰，找到小兰的时候船已经快沉了，幸好海上保安厅的直升机来的及时，所以最后大家都没有受伤。
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