一个二战时期的少年因为万花筒写轮眼而穿越到了由限定月读所制造的名侦探柯南世界，成为了宫野明美和宫野志保的弟弟，为了保护姐姐不得已加入组织而跟新一等人为敌，一边是组织的威胁，一边是新一等人的友情，最终少年会如何抉择？