结束了和丹帝的巅峰一战之后，小智成为了世界最强，但他依然认为成为宝可梦大师的旅程仍未到终点。收拾好行李，小智和花子道别后打算踏上新的旅程……
突然……他“醒了过来”，周围环绕着他的是无数的克雷色利亚和达克莱伊。他在做梦吗？小智无法理解目前的状况。
为什么旅行了八个地区他依然只有十岁?为什么每次和花子通话的时候大木博士都在身边?为什么他从来没见过自己的父亲？
随着意识的清醒这些被模糊的思维渐渐从他脑中浮现……我究竟是谁？小智环顾四周比周围的美梦神和噩梦神更可怕的是这团包裹住他全身的阴霾，之前的美好的记忆仿若吹起的泡泡，此刻坠落在地消失不见踪影。